Nel paese si distinguono cinque regioni naturali:

Valle Intermontana Centrale, che comprende le citta' di Cartago, San Jose', Heredia e Alajuela, le piu' importanti citta' del Paese. La precipitazione media annua e' pari a 1.900 mm.
Pacifico Nord, che comprende l'intera provincia di Guanacaste, Puntarenas ed i cantoni di Esparta, Orotina, San Mateo e Montes de Oro. La precipitazione annua e' di 2.100 mm.
Sottoversante Nord, ove la precipitazione annua e' di 3.400 mm.
Regione Atlantica, che comprende la provincia di Limon ed i cantoni di Turrialba, Alavarado e Jimenez. La precipitazione media annua e' di 3.300 mm.
Pacifico Sud, che comprende gran parte della provincia di Puntarenas, con una precipitazione media annua di 3450 mm.

Le zone piu' alte si trovano nel centro del paese mentre quelle pianeggianti, piu' estese, si affacciano al Mar dei Caraibi e verso il Nord. Lungo il litorale pacifico i pendii sono piu' bruschi ed originano abbondanti baie, punte, dirupi e pittoresche insenature.



La costa del Mar dei Caraibi, lunga circa 212 chilometri, si estende dal Nord-Est al Sud-Est e si differenzia in due zone: Rio San Juan-Limon (che si estende dal confine con il Nicaragua sino alla citta' di Limon) e Lomon-Rio Sixaola (dalla citta' di Limon al confine con Panama). La prima zona e' costituita da un lungo litorale separato dal mare da una successione di zone lagunari d'acqua dolce che sono alimentate da molteplici fiumi. In questa zona si trovano i Canali di Tortuguero, un sistema naturale di canali e lagune navigabili per una estensione di circa 110 chilometri che costituiscono l'ambiente specifico di sette specie di tartarughe.
Nel centro della costa orientale si trova Limon, uno dei principali porti del paese. Di fronte a questa citta', culla della cultura afro-caraibica, si trova l'unico isolotto di questo litorale: Uvita, visitato da Cristoforo Colombo nel suo quarto ed ultimo viaggio nel nuovo continente ed al quale diede il nome di Cariari.
Verso Sud-Est, nella seconda zona del litorale, si estende una ampia spiaggia, interrotta dal solo promontorio corallino di Cahuita.


Il litorale Pacifico si sviluppa per oltre 1.200 chilometri di costa ed offre una notevole varieta' di paesaggi, isole, golfi, punte, "manglari", insenature e penisole che si estendono da un confine all'altro, dalla Baia di Salinas sino alla Punta Burica, e che costituiscono nel loro insieme un suggestivo susseguirsi di ampie spiaggie. All'isola di Chira e San Lucas, le due isole piu' estese, se ne alternano altre di grande bellezza naturale quali Venado, Bejuco, Caballos, Negrito e Cedros. A 500 chilometri dalla costa si trova l'isola del Coco, resa famosa non solo dalle leggende di tesori ma specialmente dalla sua flora e fauna, tanto marine che terrestri, di gran bellezza ed abbondanza.
Il principale porto del Pacifico e' Puerto Caldera, vicino alla citta' di Puntarenas, divenuto ormai un moderno complesso portuale per l'ormeggio di transatlantici e navi da carico.
Verso Sud-Ovest si trova il golfo di Osa, chiamato anche Golfo Dulce; qui si trova la citta' di Golfito, importante complesso commerciale.
A Sud-Ovest della penisola di Osa si estende l'area di Conservazione di Osa, un Parco Naturale protetto dove prolifera il maggior numero e la maggior varieta' della flora e fauna del paese.


Le catene montuose della Costa Rica formano un sistema indipendente dall'insieme dei sistemi dell'America Centrale. La notevole varieta' di biotipi esistente nei loro boschi costituisce una inesauribile fonte di interesse per il turismo ecologico che ricerca lo studio degli uccelli nel loro ambiente naturale ed il contatto diretto con altre specie, tanto della flora come della fauna.
Il sistema montuoso costarricense si divide in due diverse catene di monti ed una cordigliera, separate nel centro del paese dalla Valle Central (dove sono situate le citta' di San Jose', Alajuela ed Heredia e vive la maggior parte della popolazione del paese) e dalla Valle del Guarco, nella ragione di Cartago.


Dal 1992 la Costa Rica, grazie alle sue iniziative nel campo della conservazione delle risorse naturali, e' sede mondiale del CONSIGLIO DELLA TERRA. Attualmente il Servizio dei Parchi Nazionali controlla e cura il mantenimento di 20 parchi, 8 riserve biologiche, ed un'area dichiarata di interesse nazionale. Inoltre la Direzione Forestale risponde di 26 zone protette, 9 riserve, 7 rifugi nazionali ed un bosco apparteneti allo stato. In totale 1.078.000 ettari formano parte del sistema dei parchi nazionali ed aree protette, cioe' 21 % dell'intero territorio. La Costa Rica e' il paese con maggior superficie protetta del mondo, cio' che la rende ideale per la promozione del turismo ecologico. La varieta' biologica della vita silvestre e' ben nota alle organizzazioni internazionali che proteggono la natura.